Создав новое ракетное или ракетно-космическое направление, С.П. Королев передавал его в другие организации, для руководства которыми направлялись его коллеги и ученики. Он, как добросовестный сеятель, разбрасывал по всей стране семена новых направлений, взращивал и оберегал их. Так возникли головные организации по различным ракетным направлениям в регионах СССР. На Украине — ракетные комплексы с баллистическими ракетами наземного базирования и космические аппараты. Это особое конструкторское бюро №586 (ОКБ-586) в г. Днепропетровске (главный конструктор — М.К. Янгель). В Поволжье — космические системы различного назначения: филиал №3 ОКБ-1, преобразованный впоследствии в Центральное специализированное конструкторское бюро (ЦСКБ) в г. Куйбышеве (главный конструктор — Д.И. Козлов). В Сибири — космические системы связи и навигации: восточный филиал №2 ОКБ-1, позднее реорганизованный в ОКБ-10 в г. Красноярске (главный конструктор — М.Ф. Решетнев). На Южном Урале — ракетные комплексы с баллистическими ракетами морского базирования: специальное конструкторское бюро №385 (СКБ-385) с опытным производством в г. Златоусте Челябинской области.
6 марта 1966г. министр общего машиностроения СССР С.А. Афанасьев выпустил приказ, в котором определил новые наименования организаций ракетно-космической отрасли, вошедших в состав в Минобщемаша. Эта крупная реорганизация явилась следствием сложной коньюнктурно-политической ситуации, сложившейся в ракетно-космической отрасли после смещения Н.С. Хрущева. Необходимо отметить, что в его время Главным руководителем всей ракетно-космической отрасли, точнее, предприятий и организаций, относящихся к созданию ракетно-космической техники, являлся Совет главных конструкторов. Окончательные решения принимались в ЦК КПСС и Совмином. Все же нижестоящие органы – и партийные, и хозяйственные обязаны были помогать, советовать, контролировать, но отменить решения Главных конструкторов не могли. Таким образом, создался своеобразный «культ» Главных конструкторов, которые сами формировали конкретные программы работ, руководствуясь, прежде всего, своим пониманием сути проблем. Это оправдывало себя до тех пор, пока существовало одна главная конструкторская организация ракетной техники С.П. Королева. Но, с появлением ОКБ Янгеля (1954г.) и Челомея (1955г.), противоречия между ними в условиях резкого увеличения задач и объема работ в ходе лунной программы стали отрицательно сказываться на решении главной проблемы – создание системы высадки советского космонавта на Луну. Это усугублялось еще и стремлением В.П. Глушко навязать свой ход событий. Как показала история, именно В.П. Глушко отстаивал наиболее бесперспективный путь развития. Год 1965 был последним годом нашего лидерства в космосе. Достаточно напомнить выход А. Леонова в открытый космос. Кроме этого, 1965г. — год наибольшего накала «гражданской войны» Главных конструкторов и напряженного соревнования с США за Луну. Вероятно, с целью преодоления этих разногласий, а также с намерениями уменьшить влияние С.П. Королева на принятие решений, 2 марта 1965г. создается Министерство общего машиностроения На него возлагалась задача самостоятельно решать вопросы ракетно-космической техники от научно-исследовательских и конструкторских работ до серийного изготовления на базе совершенных технологий и организации производства. Министром общего машиностроения был назначен С.А. Афанасьев, который руководил этим министерством 18 лет до 1983г.
26 августа 1965г. в ЦК КПСС проходило совещание по вопросам ближайшей перспективы развития космонавтики («С.П. Королев и его дело». М., Наука, 1988г.). На совещании резко проявились различия между С. Королевым, В. Челомеем, Н.Янгелем и В. Глушко к подходу решения задачи полета к Луне. Одновременно на совещании выявилось, что в жертву логики технических решений приносится стремление получить международный космический эффект к юбилейной дате – 50-летию революции в 1967г. Наверное, совещание не принесло желаемых результатов. Встал вопрос о реорганизации всей отрасли. Трагическая смерть С.П. Королева в январе 1966г. ускорила принятие этого решения. Известно, что требовательность Главного конструктора приносила много неприятностей различным влиятельным лицам в Министерствах и др. высших органах управления. Кроме этого, целый ряд главных конструкторов стремились уйти из-под «диктата» Королева. Как пишет Б. Черток, «филиалы Козлова и Решетнева не пожелали оставаться под двойным гнетом: МОМа и своей альма-матер. От МОМа деваться было некуда, а вот из-под Мишина можно было, если не совсем уйти, то, по крайней мере, получить максимальную самостоятельность». Вероятно поэтому, буквально через 1.5 месяца после смерти С.П. Королева и появился такой приказ. Все получили самостоятельность, однако, год 1966-й в истории российской космонавтики признается началом ее кризиса, который продолжается до сих пор, а для тех, кто обвинял С.П.Королева в «диктате», этот приказ стал своеобразным «Юрьевым днем».
Так, созданная С.П. Королевым ракетно-космическая отрасль оформилась организационно в одно из самых могущественных министерств СССР.
1957г. Совет главных конструкторов в составе А.Ф. Богомолова,
М.С. Рязанского, Н.А. Пилюгина, С.П. Королева, В.П. Глушко, В.П. Бармина, В.И. Кузнецова
Прошло 50 лет и количество главных конструкторов увеличилось.
На Совете главных конструкторов 26 и 27 февраля 2007г. на космодроме Плесецк под
сопредседательством генерального директора ГКНПЦ имени М.В.Хруничева В.Е.Нестерова
Сайт «Новости космонавтики» 6 апреля 2007 г. сообщил, что Президент России Владимир Путин подписал указ о включении в состав концерна ПВО «Алмаз-Антей» еще одиннадцати предприятий – главным образом производителей радиоэлектронного оборудования. Таким образом, Россия готовится к созданию системы воздушно-космической обороны нового поколения — «асимметричного ответа» на планы развития американской системы ПРО. Для координации работ впервые с 1980-х годов под новый проект будет создано головное конструкторское бюро. В состав концерна вошли акционерные общества «Арзамасский приборостроительный завод», московские «Импульс», «Лантан», «Вымпел», «Радиофизика». Кроме того вошли Российский институт радионавигации и времени в Петербурге, ОАО «Сатурн» в Омске, а также федеральные предприятия Нижегородский научно-исследовательский институт радиотехники, Государственный научно-исследовательский институт приборостроения, Научно-технический центр промышленных технологий и аэронавигационных систем в Москве и ОКБ «Пеленг» в Екатеринбурге. Их включение в концерн ПВО понадобилось для разработки перспективной единой системы зенитного ракетного оружия противовоздушной, противоракетной и противокосмической обороны пятого поколения.
26 и 27 февраля 2007г. на космодроме Плесецк под сопредседательством генерального директора ГКНПЦ имени М.В.Хруничева В.Е.Нестерова и начальника вооружения — заместителя командующего Космическими войсками РФ генерал-лейтенанта А.П.Лопатина прошло важное мероприятие по созданию космического ракетного комплекса (КРК) «Ангара»: Совет главных конструкторов предприятий – участников проекта. Инициаторами проведения совета на космодроме, где строится стартовый комплекс, были заказчики – Космические войска России и генеральный подрядчик проекта – ГКНПЦ имени М.В.Хруничева. Более шестидесяти главных и генеральных конструкторов, директоров различных предприятий и их заместителей были доставлены на аэродром «Перо» северного космодрома самолетом Центра Як-42Д «Карат». В итоге Совет главных конструкторов подтвердил график создания комплекса «Ангара», предусматривающий начало летных испытаний (т.е. отправку легкой «Ангары» с завода в Плесецк) в IV квартале 2010 г., ее пуск в I квартале 2011 г. и пуск тяжелой «Ангары» в конце того же года.